close

Вход

Забыли?

вход по аккаунту

?

статьи в общедоступных ресурсах

код для вставкиСкачать
Сборник небольших статей,по вопросам организации клетки и её функционирования.
Небольшие статьи, данные в Мембране и в других общедоступных ресурсах.
МИР РНК
astsergey | 21 июня, чт 2007 г., 07:56 "..Так про РНК: после 22 тыс пептидов (на самом деле все же ,наверное, более 30 тыс. - т.к. есть `проходящие` , но существующие)- остальное пространство (генома): Мир РНК - само процессинговое поле . И фраза `...и сам "язык", на котором записана наследственная информация, нам еще не до конца понятен...` выглядит неуклюже: именно `язык` (процессинговый `софтвер`) вообще неизвестен ... Обнаружены его `компоненты` , операторы - РНК (и то , только сейчас это начинает пониматься). В работе по `двойничному` началу - есть графики именно тогда (2004г.),я назвал их `процессинговыми` полями . На размере > 20 - вы увидите десятки тысяч(!) мультиплетов (Homo Sapienc|. Тогда стало ясно , что `софтвер` (в некотором подобии - как и компьютерный) на самом деле существует . `Операторы` и `адресы` там - РНК и пептиды .
Я думаю , уже скоро , Мы услышим (что мне приходилось слышать много раз по другим темам)сакраментальную фразу :
" Так это очевидно (!?) ...или - это и так ясно...(?)".
7 августа, вт 2007 г., 08:41
--- МикроВНК - это короткие от ~ 20 до 60 н.о. . То есть :перед тРНК(транспортными), они несут адресации - при транспортировании ,скажем белка к цели в ДНК , адресная `заглушка`,(это используется в `интерференционной` инженерии) , `инструменты` -
скажем для сплайсинга и `редактирования` других РНК . тРНК - транспорт для аминокислот(60-130н.о.) , рРНК -рибосомные РНК - уже сложные многофункциональные РНК (150-600н.о.). Они строят свою ячейку-дом-машину Рибосому , в основном для производства пептидов . Но, их функция явно не ограничивается этим : они участвуют в управлении `складирования РНК`, расщеплении РНК и пептидов . Работая с различными пептидами на различных `уровнях` в клетке - они копии друг друга, а значит универсальны. Но, есть основания считать, что `получая спецРНК` - они обретают определенный статут и место в клетке. Эта спецРНК - специализирует данную рРНК.
В пояснение предыдущего.
Например: есть 22 нуклеотидная микроРНК тогда примерная граница зоны `чувствительности` к размеру будет равна ~ 22 * 2,72/4 ~ 15 нуклеотидов в микроРНК будет минимальный набор `в длинну`. Это и есть `ядро` определяющее чувствительность к вектору. Это ядро `плавающее` , т.е. можно вычислить и другие такие 15 -ти мерные векторы которые будут чувствоваться данным регулаторным участком. --- Точно это означает, что данные `минимальные` векторы будут иметь несравненно больший спектр затрагиваемых ими `адресов` - многие из которых гены. Приблизительное число : до ~ 1000 адресов (для `мин` 15-ти при основном 22-х нуклеотидном). К примеру у `мин` 18-ти адресном при 22-х основном - до ~50 адресов ... Т.е., для `уточнения` адреса и его `единственности`, надо увеличивать размер вектора до максиума/основного размера/.
Модульность организации белков в клетке.
1
| 4 февраля, вс 2007 г., 10:22 --- Продолжим про процессинговую организацию в Геноме .
--- Учитывая подчинение законам Оптимальной организации Геномов на уровне общей структуры и организации микРНК, можно предположить, что и другие, многочисленные компоненты в этой цепочке Процессингового поля - БЕЛКИ: тоже подчинятся ему. Чтобы это значило ?
--- Это бы означало, что белки - тоже имеют сложную организацию.
Или полный вариант (реально, чаще всего реализуются `урезанные` варианты): БЕЛОК = АдресВ+АдресК+АдресМ+...+Функциональная часть(ФЧ) .
Где :
БЕЛОК - секвенс белка
Адрес В ... - Адреса дла пептидных систем
(назовем их `Р-аР`)
Адрес К ... - Адреса для микРНК-транспортеров (назовем их `Р-тмРНК`)
Адрес М ... - Адреса в ДНК-Геноме типа `праймерных` (назовем их `Р-ДНК`) .
ФЧ - операнд несущий определенную функцию ( -азы, ингибиторы, метилирующие, в том числе и ко-агенты в сложных структурах с участием нескольких действующих компонентов).
Эти адреса соответствуют :
1 Адрес В -`Р-аР`- устанавливает ко-оперативность с другими белками .
2 Адрес К -`Р-тмРНК`- устанавливает специфический адрес , которому `комплементарен` тмРНК, которая и транспортирует его в определенном направлении (с помощью актиновой, тубулиновой и др. структур)
3 Адрес М - специфический адрес, который `комлементарен` ДНК адресу, где белок `ориентируется` для выполнения своей функции .
Адресов может быть несколько , или они могут быть `трансформируемыми` .
Т.о., в общем случае:
1. Пептид Транскрибируется в рибосоме(РБ) (по заказу или разрешающему сигналу...) .
2. На выходе, он встречается с группой тмРНК , работающих с ДАННОЙ РБ - его находит нужная тмРНК и `координируется с ней`.
3. тмРНК отвечает за транспортирование данного пептида к месту назначения (цитозоль
, ядро, органоиды,...).
4. При прохождении различных мембран - белок идентифицируется именно по тмРНК , и редко самостоятельно.
5. Пример А: вход в ядро
6. Белок направляется к `узлу` активности данного тмРНК , там он ищет место работы по (или адресу М /Р-ДНК/ , или по сложно-организованной тмРНК).
7. После его нахождения (а оно рядом) пептид ориентируется в пространстве и если не был активирован, активируется .
7а. Здесь Возможна адресация и ориентация по Р-Р типу .
8. Исполнение функции -ФЧ .
(нахождение числа адресных блоков в белках)
По известной формуле оптимизации : М = А*е^(А-1) , получим :
40 000 =
при А =9 - М ~ 27000
при А =10-М ~ 81000
Это значит, что число ЗНАКОВ в адресе белков , не должно превышать 9-10 .
Для кодирования Р-ДНК уже необходимо около 22 ЗНАКОВ !?
Сам ЗНАК представляет из себя организацию из `регулярных` элементов , под ними хорошо видятся `винтовые структуры` - так часто присутствующие в белках . ТОПОЛОГИЯ и транспорт КЛЕТКИ :
Скрыть | 4 февраля, вс 2007 г., 10:31 Между прочим, мы тут коснулись существенного момента в Иерархической Организации Клетки. РБ (рибосомы) топологично `обслуживают` определенные области клетки, ниже-лежащие на ЭР (эндопл.рет.) РБ - определенные зоны в ядре. Т.о. , осуществляется очень быстрая и экономная транспортировка белков внутри клетки. Сам транспорт представляет из себя - `качающийся-скачущий-тепловой` актиновый транспортер (который, как видно из названия, работает за счет тепловых колебаний в клетке). Ясно, что такая `вертикальная`организация топологии клетки `завязанная` на Рибосомах (РБ) простирается от:
1. Клеточной мембраны - проходит через соответствующие (обслуживающие) рибосомы - до Хроматина Ядра. Основным действующим лицом здесь являются спец-РНК , которые и являются `паспортами` белков (через их `адресные` блоки). Эти спец-РНК исполняют и процессорные функции, носят `информацию` и опять же участвуют в управлении процессингом. РБ, хранят `список` - адресов, регуляторов трансляций и транскрипций (спец-РНК) в специальных хранилищах (типа р-тела).
Существуют и более короткие `тропы` осуществляющие связь, опять через :
2. Рибосомы - между Органоидами клетки и Хроматином Ядра .
3. Рибосомы - между Органоидами клетки и Мембраной Клетки .
4. Внутренние `Тропы` .
--- Необходимо подчеркнуть, что здесь совсем иначе выглядит роль РБ: это `Жители` Клетки , практически `Живой` Ископаемый Компонент , пришедший из Начала Жизни. Они истинные `Работники` клетки, осуществляющие `истинные` `функции` в ней , причем организованные строго по территориальному принципу. Им ассистирует Митохондрия - тоже дошедшая из Глубокой Древности - но скорее всего , являющееся Первой Библиотекой + Энерго-станцией этих Жителей ... В конце - концов , Жители превратились в `Рабов` их собственной Конструкции - Эукариотической Клетки . Но , эти рабы (РБ)- вещь в себе ...
| 6 августа, пн 2007 г., 20:28.
Еще красивее получается так : Рибосомы - `жители` города-клетки (основное действующее лицо там -рРНК/рибосомные РНК - длинной от ~150 до 600 н.о./, они имеют свою жилплощадь- регион обслуживания , коммуникации (транспорт и связь ,осуществляемые в основном именно микроРНК - перевозчиками и посыльными ) - имеют свою библиотеку - работают в кооперации с соседями. Уже`кооператив` - имеет свой доступ к своему участку библиотеки-ДНК и выход из клетки через мембрану . Кооператив использует и `РНК-инструмент` для некоторых корректировок в получаемой информации (мРНК) и осуществления правильной адресации и резки сырья (сплайсинг). Кооперативы имеют тесное взаимодействие с соседними кооперативами на всех уровнях работы : от хроматина , Эндпл.Рет- - до выхода из клетки - рецепторов и `ворот` - каналов . Кооперативы тесно связаны с Митохондриями -получая от них топливо , транспортеры (тРНК) и др.. и снабжая их своими продуктами и сырьем . Основная деятельность Кооперативов распределена : они делают СВОИ специфичные продукты белки здесь и только здесь , по данным из `ее библиотеки` , получают сигналы извне(в любом виде) и перераспределяют информацию во всю клетку (в виде белков-сигналов , микроРНК )- `обрабатывая` ее .
Стволовые клетки:
13 января, сб 2007 г., 16:26 --- Продолжим по процессингу Иерархии Стволовых Клеток . Во время эмбриогенеза , Ооцит `Ао` - начинает делиться , практически как простой организм :
----Стволовые клетки - общее понятие-термин обозначающий многопотентные (плуоропотентные) клетки .
ПРИМЕРНО ТАК (ДАЕТСЯ ВПЕРВЫЕ) :
СК `А` -
ЕК (Эмбриональная клетка - Иерархическое обозначение `Ао`)
І
деление №1==
Ао + А1
Сумма =2 : Ао -1 , А1 - 1
деление №2==
Ао == Ао + А1
А1 == А1 + А2
Сумма = 4 : Ао -1 , А1 - 2 , А2 - 1
деление №3==
Ао == Ао + А1
2А1 == 2А1 + 2А2
А2 == А2 + А3
Сумма = 8: Ао -1 , А1 - 3 , А2 - 3 , А3 - 1
деление №4===
Ао == Ао + А1
3А1 == 3А1 + 3А2
3А2 == 3А2 + 3А3
А3 == А3 + А4
Сумма = : Ао -1 , А1 - 4 , А2 - 6 , А3 - 4 , А4 - 1
деление №5===
Ао == Ао + А1
4А1 == 4А1 + 4А2
6А2 == 6А2 + 6А3
4А3 == 4А3 + 4А4
А4 == А4 + А5
Сумма = 32 : Ао -1 , А1 - 5 , А2 - 10 , А3 - 10 , А4 - 5 , А5 - 1
деление №6===
Ао == Ао + А1
5А1 == 5А1 + 5А2
10А2 == 10А2 + 10А3
10А3 == 10А3 + 10А4
5А4 == 5А4 + 5А5
А5 == А5 + А6
Сумма = 64 : Ао -1 , А1 - 6 , А2 - 15 , А3 - 20 , А4 - 15 , А5 - 6 , А6 - 1
деление №7===
Ао == Ао + А1
6А1 == 6А1 + 6А2
15А2 == 15А2 + 15А3
20А3 == 20А3 + 20А4
15А4 == 15А4 + 15А5
6А5 == 6А5 + 6А6
А6 == А6 + А7
Сумма = 128:Ао-1,А1 - 7, А2 - 21 , А - 35 , А4 - 35, А5 - 21, А6 - 7,А7-1
Стволовые клетки (СК) - типа `А` отличаются плуропотентностью : она тем выше чем ниже иерархия( ближе к началу - Ао) `СК` .
Причем первые ~ 0-2 типы СК могут превращаться друг в друга .
Где-то на этом цикле(№8) +1/-4 (который может быть неполным, впрочем как и другие - т.к. : они суть -эволюционные `циклы` и у разных млекопитающих и других сложноклеточных они `искажены` по различному ) появляется новый класс клеток - ДИФФЕРЕНЦИРОВАННЫЕ `КД` . это клетки , которые уже не могут делиться - это тип `В` - далее номера при `В` - обозначают уже тип появляющейся клетки (по-сути , принадлежность к виду ткани ).
деление №8(примерно-для человека)=== `РЕШАЮЩЕЕ` для начала дифференциации организма. После этого, к примеру, если в системе возникнет `разрыв` клеточных контактов появится -`сиамский` близнец (а до этого - близнецы)..
А7 == А7 + В7,1
Причем , такой способностью обладают и клетки начиная ~ с типа `А2`, но реально , в организме , при развитии эмбриона , это может происходить только после ~ 7-8 цикла деления .. ---- и т.д...
СК высокого типа ( ~ более 4-5 ) могут `умирать`- нацело делясь на типы `В` или производя неполноценную клетку типа СК , которая будет лизирована или подвергнется апоптозу - как автоматическому уничтожению `выработавшей ресурс` клетки . "ПЛАСТЫ" - управления в геноме.
7 июля, сб 2007 г., 14:44 --- Думаю настало время дать еще один старый кусочек . ...
Процессинг ДНК Сложноклеточных Организмов (Сл-Ор) складывается из нескольких `пластов` больших специфических Секторов и ПодСекторов , которые отвечают за дифференцированное поведение клетки в организме . Активация Первичных Подсекторов (ПСе) отвечает за спецификацию СК , их около 16-32 . Секторов (Се),отвечающих за ДК ~ 70-130 . Эти ПСе и Се - есть объединения приличных групп кластеров , состоящих из кодирующих и некодирующих компанент . Дифференцирование клетки фактически составляются из активированных наборов Се + (в редких случаях)ПСе . Таким образом , основное отличие различных клеток в Сл-Ор состоит в различной групповой активации ПСе и Се. В общем виде : чем больший объем ДНК активирован - тем более дифференцированна клетка и наоборот . Это явление связывает нас со следующим эффектом : мерой загруженности транскрипции ДНК и рибосом - в ДК они будут загружены (и энергетически) больше чем в СК (здесь мы не принимает во внимание этап подготовки СК к пролиферации , где в ДНК работает малый объем кластеров , но `пиковая` нагрузка на рибосомы может быть повышена). Другой эффект - заглушение в ДНК : метилирование , ацетилирование и интерферирующие ингибирование также обратно пропорциональны степени дифференциации клетки в Сл-Ор.
Ясно , что это можно и проверить , и использовать в онкоблогии и для `маркеров` и для лечения , используя родственность СК - КК
Автор
Sergey Astashkin
Документ
Категория
Статьи
Просмотров
38
Размер файла
29 Кб
Теги
Сборник маленьких статей
1/--страниц
Пожаловаться на содержимое документа