close

Вход

Забыли?

вход по аккаунту

?

ИнтерЛабСервис представляет использование прибора EASYMAG

код для вставки
ИЛС и использование прибора EASYMAG как универсального экстрактора нуклеиновых кислот из клинического материала для последующего ПЦР-анализа с помощью коммерческих тест-систем разных производителей
Использование прибора EASYMAG как
универсального экстрактора нуклеиновых кислот
из клинического материала для последующего
ПЦР-анализа с помощью коммерческих тестсистем разных производителей
Авторы: Богословская Е.В., Цыганова Г.М., Зайцев В.В., Башкирова Г.М., Шипулин Г.А.
Источник: ФГУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия
Огромное количество тестов, основанных на амплификации нуклеиновых кислот,
разработано и широко используется в мире. Дальнейшие разработки в этой области
направлены на сокращение времени и упрощение процедуры анализа, а также уменьшение
ручного труда. Выделение нуклеиновых кислот микроорганизмов из клинического материала
является наиболее трудоемким этапом ПЦР-анализа. Особенно сложной и длительной
является методика выделения РНК.
В настоящее время разработано большое количество автоматических систем,
осуществляющих экстракцию нуклеиновых кислот. Но часть из них является «закрытыми»
системами, которые разработаны только для работы с определенными тест-системами.
Например, прибор AmpliPrep предназначен для работы с тест-системами «Cobas Amplicor»
(«Hoffmann-La Roche», Швейцария) или прибор «m2000rt» для тест-систем «Abbott Realtime». Другие приборы не валидированы для работы с разным клиническим материалом и с
разными коммерческими тест-системами.
Прибор easyMAG (BioMerieux, Франция) является относительно новым прибором для
автоматической экстракции нуклеиновых кислот. Принцип экстракции, используемый в
приборе, основан на сорбции нуклеиновых кислот сорбентом. Эта методика ранее была
описана Boom и соавт. и широко использовалась в «ручном» варианте, зарекомендовав себя
как золотой стандарт среди методов экстракции нуклеиновых кислот.
Особый интерес к данному прибору связан с такими особенностями как «открытость»,
позволяющая осуществлять экстракцию по собственному протоколу, работать с любым
клиническим материалом и использовать выделенные нуклеиновые кислоты в любых тестах.
Однако, работ по использованию экстрактора в клинической практике опубликовано
достаточно мало. Тем более, нет работ по адаптации прибора к коммерческим тестам.
Цель работы
Целью настоящей работы было оценить возможность использования прибора easyMAG для
выделения РНК из плазмы крови для последующего ПЦР-анализа в коммерческих тестах
разных производителей, которые широко используются на Российском рынке.
Материалы и методы
В настоящем исследовании были использованы 3 тест-системы, предназначенные для
количественного определения РНК ВИЧ в плазме крови: Cobas Amplicor HIV-1 Monitor v.1.5
(Hoffmann-La Roche), Abbott Real-Time HIV-1 и АмплиСенс ВИЧ Монитор-FRT (ФГУН
ЦНИИЭ).
Образцы крови были получены от ВИЧ-инфицированных пациентов г. Москвы и Московской
области в период 2006-2007 гг. Кровь забирали у пациентов утром натощак в пробирку с 3%ным ЭДТА из расчета 1:20. Для получения плазмы цельную кровь центрифугировали при
800-1600 g в течение 20 минут. Плазму хранили при температуре минус 700С. Количество
протестированных образцов представлено в таблице 1.
Все образцы тестировали, используя одновременно два варианта экстракции РНК: «ручной»
(согласно инструкции к тест-системе) и автоматический (с использованием прибора
easyMAG).
Автоматическую экстракцию РНК из плазмы крови осуществляли с помощью реактивов
производства BioMerieux, прилагаемых к прибору, по следующему протоколу: лизис
клинического материала проводили вне прибора с добавлением внутреннего контроля (по
протоколу соответствующей тест-системы), остальные этапы экстракции выполнялись в
приборе в автоматическом режиме.
Анализ результатов
Полученные результаты концентрации РНК перед анализом логарифмировали. Рассчитывали
коэффициенты корреляции (по Спирмену) и разницу между результатами, полученными с
помощью автоматического и «ручного» вариантов экстракции РНК.
Результаты и обсуждение
При сравнении автоматического и ручного методов выделения РНК из плазмы крови была
выявлена идентичная эффективность выявления РНК ВИЧ. Однако, отношение
эффективностей экстракции РНК ВИЧ и ВКО часто была не одинаковой для «ручного» и
автоматического методов. Поэтому для каждой исследуемой тест-системы нами был
рассчитан коэффициент регрессии и введен корректирующий коэффициент в количественные
результаты. При сравнении количественных результатов, полученных с использованием
разных способов экстракции РНК, была показана хорошая корреляция для каждой
анализируемой тест-системы (табл. 1). После введения корректирующих коэффициентов
оказалось, что разница между результатами не превышает 0,5 lg, что свидетельствует о
высокой сходимости результатов (табл. 1).
Таблица 1. Сравнение результатов вирусной нагрузки, полученных с помощью «ручной» и
автоматической пробоподготовки.
Тест-система
Коэффициент
корреляции
Максимальная
разница (lg)
Количество
протестированных
образцов
Cobas Amplicor HIV-1
Monitor v.1.5
0,99
0,34
30
Abbott Real-Time
HIV-1
0,96
0,24
21
АмплиСенс ВИЧ
Монитор-FRT
0,96
0,39
23
Заключение
Хорошая корреляция результатов вирусной нагрузки, полученных с использованием прибора
easyMAG и стандартной методики пробоподготовки, а также небольшой разброс между
количественными результатами указывают на возможность использования прибора easyMAG
с любыми коммерческими тест-системами, даже «закрытыми».
Автор
vladilen.ho
Документ
Категория
Без категории
Просмотров
10
Размер файла
58 Кб
Теги
приборы, ИЛС, интерлабсервис
1/--страниц
Пожаловаться на содержимое документа